Pada tahun 1629, ancaman Acheh berkurangan kerana kekalahan teruk kepada Portugis. Pakatan Johor-Belanda berjaya menakluki semula Melaka pada 14 Januari 1640. Belanda berjaya menakluki Melaka pada 1641, manakala Sultan Acheh, Sultan Iskandar Muda mangkat pada 1636 dan Sultan Iskandar Thani mangkat pada 1641 dan Acheh kemudian diperintah oleh Raja Perempuan Ratu Sultanah Tajul Alam.

Pada 1641, Sultan Abdul Jalil Shah III datang ke tanah besar Johor iaitu pusat pemerintahan di Makam Tauhid. Selama dua tahun Sultan Abdul Jalil Shah III di Makam Tauhid sebelum berpindah menyeberangi Sungai Damar ke Pasir Raja yang juga dikenali sebagai Batu Sawar pada Oktober 1642.

Sultan Abdul Jalil Shah III kekal di Pasir Raja hingga 1673 sebelum bermusuhan dengan Jambi dan seterusnya meletusnya perang antara Jambi-Johor. Sultan Abdul Jalil Shah III melarikan diri ke Pahang dan bersemayam di Pahang selama empat tahun dan mangkat di Kuala Pahang lalu disebut "Marhum Mangkat di Pahang @ Marhum Besar".